Carnet de vaccination électronique : la Cour des comptes pointe un retard préoccupant

Un carnet numérique qui existe depuis 2020 et qui reste vide

Le carnet de vaccination électronique n’est pas un projet à venir : il est intégré au Dossier Médical Partagé depuis juin 2020, et il est accessible à chacun depuis Mon espace santé. Sur le papier, la France dispose donc déjà de l’outil.

Dans les faits, la Cour des comptes le décrit comme encore balbutiant. Au 31 octobre 2025, seuls 11 % des dossiers médicaux partagés activés contenaient au moins une donnée de vaccination. Autrement dit, huit assurés sur neuf ouvrent leur espace santé et n’y trouvent aucune trace de leurs vaccins.

Amélie de Montchalin, qui préside la Cour des comptes, qualifie les carnets non à jour d’« obstacle majeur » à la politique vaccinale. Le problème n’est pas technique : l’outil existe. Il est alimentaire — au sens où personne n’y verse les données.

D’où viennent les données, et d’où elles ne viennent pas

Entre le 1^er janvier 2024 et octobre 2025, 12,8 millions de mentions de vaccination ont été enregistrées dans le DMP. Ce chiffre paraît important jusqu’à ce qu’on regarde sa provenance : 94 % viennent des pharmaciens, et il s’agit très majoritairement de vaccins contre la grippe et la Covid-19.

Les pharmaciens sont autorisés à vacciner les adultes depuis 2021. Ils sont devenus, de fait, la principale source d’alimentation du carnet numérique — et même là, la remontée reste incomplète : en novembre 2025, environ 20 % des vaccins réalisés en pharmacie n’étaient pas enregistrés dans le DMP.

Le reste du système vaccinal français, lui, n’alimente pas le carnet du tout. Le rapport cite nommément les absents :

• les services de santé au travail, qui réalisent une part importante des vaccinations des adultes actifs ;
• les services de santé universitaires ;
• la protection maternelle et infantile (PMI), qui vaccine une grande partie des nourrissons ;
• la santé scolaire, qui intervient sur les rattrapages de l’adolescence.

S’y ajoute un angle mort d’un autre ordre : les bénéficiaires de l’aide médicale de l’État (AME) n’ont pas accès au DMP. Une population par définition éloignée du soin est donc aussi celle dont la vaccination est la moins tracée.

Conséquence : la France ne sait pas précisément qui est vacciné

Ce n’est pas seulement un inconfort pour les patients. Faute de source unique, la couverture vaccinale nationale est reconstituée à partir de données partielles qui ne se combinent pas correctement. Les résultats sont donc publiés sous forme de fourchettes, et il devient impossible d’identifier avec fiabilité les populations sous-vaccinées — celles vers lesquelles il faudrait précisément orienter les campagnes.

Le rapport souligne le contraste avec le dispositif « Vaccin Covid » : en 2021, la France a su suivre une campagne vaccinale au jour le jour, par territoire et par catégorie de population. La capacité technique existe. Elle n’a pas été étendue au reste du calendrier vaccinal.

Enfin, l’historique ancien reste, selon les termes du rapport, « essentiellement » conservé sur papier ou dans des solutions numériques privées comme mesvaccins.net. Des décennies de vaccinations dorment dans des carnets cartonnés et des tiroirs.

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